La chiesa di Sant’Agata di Pontestura ha origini molto antiche: le prime attestazioni risalgono al XII-XIII secolo e testimoniano la dipendenza di questo edificio dai canonici di Santa Croce di Mortara almeno fino al 1449. A partire dal XVI secolo ai Mortariensi subentrarono i canonici regolari lateranensi del Santuario di Crea a cui spettò la nomina del parroco e la conservazione dell’edificio fino al 1798, anno della soppressione dell’abbazia. Tra le opere, ancora oggi visibili e direttamente legata ai padri di Crea, si cita la suggestiva ancona dell'"Immacolata Concezione" (in fondo alla navata destra) costituita da una nicchia nella quale si trova collocata una pregevole statua del XVII secolo della Madonna immacolata, mentre intorno ad essa è collocata una cornice lignea dipinta con simboli mariani.

L’interno presenta una ricca e omogenea decorazione con volte e colonne dipinte a finto marmo venato di chiaro, mentre gli arconi di separazione tra le navate sono decorati con motivi floreali. Le opere d’arte oggi visibili raccontano la lunga storia dell’edificio e dell’intenso intreccio di committenze susseguitesi nel corso del tempo. Partendo dalle più antiche si citano le tre tele attribuite a Guglielmo Caccia detto il Moncalvo ovvero il San Giovanni Evangelista, posto nel presbiterio e originariamente collocato nella seconda cappella a sinistra e la Natività con i Santi Stefano e Giacomo. Quest’ultima opera, commissionata dai fratelli Leoni è databile qualche anno prima del 1619, quando la visita pastorale di Monsignor Scipione Pascale testimonia la presenza di una «bella ancona nova sopra la quale vi è dipinta la Madonna Santissima, San Giuseppe et santo Stefano». La presenza dei santi Giacomo e Stefano, solitamente non rappresentati insieme alla Sacra Famiglia, sarebbe giustificata dall’antica titolazione di questo altare a Santo Stefano e dalla presenza nelle vicinanze del sepolcro della Confraternita di San Giacomo. In fondo alla navata sinistra si trova, invece, la terza tela attribuita al Moncalvo raffigurante la Madonna del Rosario incorniciata in una raffinata cornice lignea nella quale sono rappresentati i misteri del Rosario. A testimoniare il prestigio della committenza e degli artisti coinvolti nell’arredo delle cappelle si cita la presenza di Pier Francesco Guala, autore di una bella tela raffigurante la Madonna con il Bambino e sette Vergini (ovvero le Sante Liberata, Prisca, Brigida, Dorotea, Scolastica, Fosca, Prudenziana, Petronilla e Carina) e si trovava collocato nell’ultimo altare di sinistra dove fu citato per la prima volta da Monsignor Caravadossi nel 1731 come «pittura nuova». La chiesa possiede anche un’altra opera realizzata da Guala e raffigurante Il Martirio di San Bartolomeo commissionata dal Comune di Pontestura per l’omonimo altare posto nella chiesa di San Giacomo del quale aveva il patronato. All’oratorio di San Giacomo, per altro, apparteneva anche la Madonna col Bambino, i SS. Giacomo e Agata nella quale si scorgono, inginocchiati e vestiti con cappa nera, i confratelli della compagnia della Buona morte che aveva anticamente sede proprio nella chiesa di San Giacomo.
Proveniente dall’antico monastero di Lucedio (VC), proviene, invece, il basamento lapideo della mensa rivolta verso il popolo. Originariamente utilizzata come fonte battesimale a immersione, la vasca presenta sui quattro lati simboli e iscrizioni cristiani come l’uomo che regge un candelabro, un tridente (o bastone fiorito), un serpente, un pesce e un cervo. Nella parte posteriore si trova una ruota a cinque raggi e una iscrizione con caratteri in uso nel Trecento: «XIIII mo / (naster)io Lo[...]ii / Frater Hen / ricus de Pa /| pia fecit / fieri vere».