Les salles situées au rez-de-chaussée et aux deux premiers étages de l'aile sud de l'ex Séminaire épiscopal ont été réaménagées de façon structurelle et fonctionnelle afin d'offrir au musée un parcours sur trois niveaux intéressant deux des trois côtés de la cour intérieure. L'itinéraire est à la fois thématique et chronologique, on y voit des œuvres provenant du Palais épiscopal et des dépôts du Séminaire et, d’autres prises après la première exposition réalisée en 2004. Le musée accueille également de façon provisoire des œuvres acquises par l'intermédiaire de certificats de dépôt établis avec les paroisses dont elles proviennent car elles nécessitaient d’une tutelle immédiate. Il y a également une autre série d'œuvres exposées en vertu d'une convention passée entre la Diocèse et la Ville; elles proviennent de collections municipales qui se sont formées à des époques différentes suite à la suppression d'édifices religieux urbains. Jusqu'alors conservées dans des dépôts, elles n'avaient jamais été présentées au public.
La parcours met l'accent sur les moments saillants de l'histoire de la Diocèse mais il permet aussi de reconstruire les différents endroits où ces œuvres se sont trouvées avant de terminer dans des dépôts grâce à des supports didactiques adéquats et des approfondissements quant à leurs lieux d'origine.
Au rez-de-chaussée du bras qui donne sur Via del Seminario, se trouvent les laboratoires didactiques en plus du hall d'accueil et du book- shop.
Le musée qui se veut quand même flexible car collecteur dynamique de biens artistiques diocésains, prend en compte les différentes identités des trois aires géographiques qui composent la Diocèse ( l'Oltregiogo, la zone lombarde avec les paroisses de Varzi et Casteggio et la zone d'Alexandrie). Les salles d'exposition du rez-de-chaussée qui fonctionnent comme noyaux autonomes, racontent deux aspects décisifs de l'histoire de la Diocèse à travers des œuvres sauvées du risque de dispersion dans les années 70 et 80 du XXe siècle.