La chiesa di San Paolo fu costruita a partire dal 1586 per volontà dei padri Barnabiti che affidarono il progetto all’architetto milanese Lorenzo Binago, appartenente anch’esso al medesimo ordine. La commissione dell’edificio era motivata dalla necessità di avere una struttura che fosse in grado di accogliere i fedeli in quanto la precedente chiesa di loro pertinenza, costruita in Cantone Brignano, risultava insufficiente e ormai troppo modesta per le esigenze di culto. La consacrazione avvenne nel 1594 mediante una sontuosa cerimonia durante la quale la Duchessa Eleonora De Medici, seconda moglie del Duca Vincenzo I, donò alla chiesa arredi e paramenti sacri. Nel corso dell’Ottocento i Barnabiti furono oggetto, come molti altri ordini monastici, delle soppressioni napoleoniche dovendo così lasciare la chiesa di San Paolo e il convento ad essa adiacente costruito per volontà degli stessi padri.

La facciata principale risulta completamente intonacata e suddivisa in due ordini dalla trabeazione; il registro inferiore è ripartito in tre campi da lesene binate angolari e centrali, che proseguono anche nel secondo registro coronato da un frontone con timpano curvilineo spezzato. La pianta della chiesa è a croce greca e si conclude con presbiterio e abside a sviluppo semicircolare; ai lati della struttura del coro, si aggiungono i volumi della sacrestia e del campanile. Lo spazio liturgico è separato dalla navata principale da tre gradini in marmo rosso di Verona e dalla balaustra in marmi policromi, opera del lapicida Vincenzo Pellegatta. L’interno della chiesa è suddiviso in tre navate da pilastri cruciformi; le navate laterali si concludono in testata con due cappelle (una per parte). Tra le opere di maggior pregio presenti all’interno della chiesa di San Paolo doverosa menzione meritano sul lato sinistro il dipinto "San Filippo intercedere per le anime del purgatorio", attribuita al Peruzzini e la cappella dell’Assunta con la tela di Guglielmo Caccia raffigurante l’Assunzione, commissionata dalla famiglia Bobba, titolare del patronato. Il presbiterio ospita, ancora nella loro posizione originaria, le due tele commissionate dal Duca Carlo Gonzaga di Nevers, una di Giorgio Alberini, "Conversione di San Paolo" e una raffigurante la conversione del medesimo santo, opera mirabile di Guglielmo Caccia. Al centro fa bella mostra di sé l’altare maggiore in marmo policromo realizzato da Vincenzo Pellegatta di Viggiù nel 1744. Tra le cappelle del lato destro si ricorda quella dedicata a San Matteo che custodisce sull’altare una tela del fiammingo Vaan Casteel del 1598 raffigurante la "Vocazione di San Matteo" e altre due tele del Caccia "San Matteo con l’Angelo" e "Il Martirio di San Matteo". Passando oltre a questa cappella, proseguendo verso l’uscita, si trova una riproduzione del 1694 della Santa Casa di Loreto, mentre in controfacciata è collocato l’imponente organo di Giò Franzetti e Figli del 1859.