Gli affreschi nella chiesa testimoniano la grande fioritura che quest’arte ebbe nella seconda metà del XV secolo, grazie anche a personalità quali Tommaso Cagnoli, Johannes De Campo e Daniele De Bosis cui sono attribuite le decorazioni interne di Santa Maria delle Grazie.
Nella seconda e nella terza cappella di sinistra, racchiusi entro cornici di gusto rinascimentale, due affreschi raffigurano: il primo tre Santi, tra cui forse S. Lorenzo e S. Agostino, l’altro il battesimo di Cristo.
Come l’interno e la fiancata destra della chiesa, la facciata è ornata da decorazioni in terracotta, la cui presenza è una testimonianza della diffusione di questa tecnica decorativa durante la seconda metà del Quattrocento nel Ducato di Milano, cui Novara apparteneva.
La facciata ha subìto negli anni numerosi rimaneggiamenti tra i quali la sostituzione di due porticine laterali con due finestre e di un grande finestrone rettangolare centrale con un rosone ornato anch’esso in cotto.
Il protiro poggiante su colonne di granito che orna il portale d’ingresso è stato aggiunto in epoca successiva.
Nel transetto, sulla parete che si appoggia al monastero, sono affrescate due grandi finestre una delle quali mostra, in un originale «trompe l’oeuil», due monaci che si affacciano sulla navata.
Sui pilastri della navata centrale affreschi quattrocenteschi raffigurano personaggi illustri dell’Ordine Lateranense. Alcuni nomi sono tutt’ora leggibili: Papa Urbano VIII, Papa Gelasio, il Vescovo Frediano, il Cardinale Damiani, il Vescovo Aldo. Nelle specchiature a doppia vela della volta del transetto sono affrescate le immagini dei Dottori della chiesa (5. Ambrogio, S. Agostino, S. Gregorio e S. Girolamo) ed i quattro Evagelisti con i loro simboli. Sul lato destro del transetto è collocato un notevole affresco rappresentante la Crocifissione, in cui compaiono la Madonna, Sant’Agostino e alcuni canonici lateranensi in adorazione.
La più vecchia testimonianza della originaria struttura del campanile è un rapporto del 1813 dell’ing. L. Orelli che così descrive la torre campanaria: «… quattro pilastroni di cotto reggenti la cupola costruita a cono…» e ne suggeriva, visto l’avanzato stato di degrado, la demolizione. Verso la metà del XIX secolo i borghigiani, dopo aver acquistato la chiesa, innalzarono un modesto campanile con cella campanaria con murature angolari e arcate a tutto sesto, coperto da un tetto a quattro falde; questa struttura, nel 1930, sarà recuperata dall’arch. G. Lazanio per l’innalzamento nelle forme attuali.
Nell’abside trovano posto due affreschi coevi (1508 / 1520). Le arche funerarie dipinte in basso confermano la presenza di sepolture. Il meglio conservato mostra un cavaliere genuflesso al cospetto della Vergine, che l’epigrafe dice essere un certo Giacomo, probabilmente un Cunningham, come si evince dallo stemma araldico negli angoli superiori, facente parte del corpo di guardia di arcieri scozzesi del Re di Francia, cui apparteneva in quel tempo il Ducato di Milano.