Il nuovo tempio si presentava costituito da un’unica navata, con copertura a volta, completamente imbiancata e con l’apertura di quattro finestre sul lato meridionale e una sul lato settentrionale, in corrispondenza del Battistero, le finestre erano per lo piu molto piccole. La navata si concludeva con il presbiterio, giustamente orientato a levante, e con il coro che si presentava decorato da pitture.
Durante il primo decennio del 1600 venne costruita la sacrestia sul lato meridionale del coro.
L’altare maggiore era appoggiato sopra una predella in legno e collocato al di sotto di un baldacchino, aveva un grande tabernacolo in legno dipinto ed era chiuso da una balaustra in marmo. Dall’arco presbiteriale scendeva un grande crocifisso.
Oltre all’altare maggiore, nella nuova chiesa si trovavano, partendo dal lato settentrionale, il Battistero, la cappella del SS.mo Nome di Gesù e di San Rocco e la cappella del SS.mo Spirito. Sulla parete meridionale, invece, era collocata la cappella del SS.mo Rosario. Si dovette aspettare l’inizio del 1700 per trovare anche la cappella dedicata a San Giuseppe.
Il Battistero, collocato a sinistra dell’ingresso, si presentava come una cappella dipinta e chiusa da un cancello in ferro, al cui interno si trovava la vasca battesimale in marmo e un dipinto raffigurante San Giovanni Battista.
La cappella del SS.mo Nome di Gesù e San Rocco, posta a meta della parete nord, era ornata da immagini sacre e chiusa da un cancello. Nel 1618 il Vescovo Taverna nelle sue visite dava notizia della presenza di un oratorio della Confraternita del SS.mo Nome di Gesù informazione riportata un secolo dopo, nel 1758, anche dal Vescovo Balbis Bertone, aggiungendo che tale societa e quella di San Rocco erano state unite nel 1607 sotto la regola di San Carlo.
La cappella del S.mo Spirito, situata appena dopo quella del S.mo Nome di Gesù, si presentava dipinta e decorata con elementi in gesso e chiusa da una balaustra in marmo. Il pavimento era rivestito da tavole di legno. Come riportato dal vescovo Visconti nel 1699, sull’altare marmoreo era collocata un’icona con la raffigurazione del “Mistero del Santo Spirito durante l’Ultima Cena”.
Nelle visite del Vescovo Rovero, inoltre, si accenna ad un oratorio, posto dietro all’altare, di forma quadrata, ampio, dipinto e pavimentato con tavole di legno.
La cappella della Beata Maria Vergine del Rosario era ubicata a ridosso della parete meridionale, a fianco dell’altare maggiore. Si presentava dipinta e ornata da marmi. Sopra l’altare era collocata, all’interno di una nicchia, la statua della Beata Vergine Maria in gesso. In questa cappella venne fondata la Confraternita del SS.mo Rosario la quale, come racconta il Vescovo Rovero, aveva un proprio oratorio al di fuori della chiesa.
La settecentesca cappella di San Giuseppe, si presentava ornata e dipinta di grigio, con l’altare marmoreo sormontato da due colonne anch’esse di marmo, e con al centro una tela raffigurante San Guseppe e la Vergine.
Sotto a due di questi altari, quello del SS.mo Spirito e quello del SS.mo Rosario, erano collocati due sepolcreti che si andavano ad aggiungere al cimitero posto davanti alla chiesa. Questa situazione venne mantenuta sino al 1784 quando il Vescovo Balbis Bertone ordinò di togliere le sepolture dalla chiesa per questioni d’igiene.
Per quanto riguarda l’aspetto esterno, la facciata presentava tre ingressi dei quali il centrale era sormontato da un portico sorretto da colonnine di pietra. Al centro si apriva una nicchia, al cui interno si trovava una statua raffigurante il santo titolare in atto benedicente.
Nel prospetto nord a fianco della facciata si innalzava il campanile, di forma quadrata, con una croce sulla sommità e con, in origine, tre campane, diventate poi quattro all’inizio del ‘6OO. Erano addossate al tempio religioso alcuni edifici di servizio che sia per precarieta statica che per l’esiguità delle finestre creavano non pochi problemi igienico – statici alla chiesa.
Queste caratteristiche salienti saranno mantenute sino alla demolizione della chiesa all’inizio dell’ 800, quando si concretizzerà il progetto antonelliano.
Nel 1836, infatti, Don Serafino Bellini proponeva l’ampliamento della chiesa, le cui dimensioni non erano ritenute più adeguate ad accogliere il crescente numero della popolazione. Con il sostegno morale (e soprattutto economico) della comunità, il prevosto decise di istituire un comitato formato dalla Fabbriceria della chiesa parrocchiale, dal Sindaco e dagli Ufficiali Maggiori delle tre Confraternite: Corpus Domini, SS.mo Rosario, M.V. Assunta. ll progetto veniva commissionato all’architetto Alessandro Antonelli che riceveva la piena fiducia dei fedeli bellinzaghesi.
Il 12 aprile 1837, con una solenne cerimonia, veniva posata la prima pietra dando così l’avvio ai lavori.
Il progetto antonelliano conservava in sostanza la navata centrale della chiesa già esistente, ampliandola mediante la costruzione delle navate laterali e di una cupola posta a compimento della nuova crociera.
Nel progetto iniziale, la chiesa doveva avere un impianto architettonico diverso, notevolmente più grandioso rispetto a quello poi realizzato. L’Antonelli aveva capito la potenzialità di quest’area, vicino al centro storico e nello stesso tempo lungo un’arteria di traffico importante e l’ampliamento ecclesiastico, nelle sue grandiose utopie urbanistiche, diventò il pretesto per ricollocare in questa sede il nuovo centro religioso – amministrativo di Bellinzago. La sua idea era, infatti, di ampliare anteriormente la chiesa con l’aggiunta di un portico; inoltre, dove ora si trovano l’altare del SS.mo Sacramento e lo Scurolo dei Santi Martiri Pacifico e Cristina, dovevano vedere la luce due cappelle sormontate da cupola. L’elemento più ardito doveva essere il campanile, altissimo, la cui imposta realizzata è collocata dietro l’abside. L’eccessiva verticalità e probabilmente l’eseguità dei mezzi a disposizione dei bellinzaghesi fece si che il campanile non venne completato e si dovette mantenere quello già esistente del 1827. Accanto all’edificio religioso avrebbero dovuto sorgere altri corpi di servizio (la casa parrocchiale), ma anche gli spazi per assolvere le funzioni amministrative-civili.
I lavori si conclusero nel 1844 con la consacrazione da parte del Vescovo Mons. Filippo Gentile il 17 novembre.
All’interno, lungo le navate laterali, venivano collocate quattro cappelle per lato, partendo da quello sinistro con: l’altare di Gesù Adolescente e di Maria Bambina, l’altare di San Giuseppe, l’altare della Beata Maria Vergine Addolorata, l’altare del SS.mo Sacramento. A sinistra si proseguiva con il Fonte Battesimale, l’altare dell’Immacolata Concezione, l’altare del SS.mo Crocitisso, l’altare della Beata Vergine del Rosario e lo Scurolo con le reliquie dei Santi Martiri Pacifico e Cristina, progettato e realizzato dal figlio dell’Antonelli, Costanzo, nel 1891.
La facciata, di stile barocco, mantenuta invariata fino al restauro avvenuto nel 1931, non appartiene al progetto antonelliano. Essa vede la presenza di nove statue alte piu di due metri e raffiguranti: Santa Cristina, Sant’Adolfo, l’Ausiliatrice, San Grato, San Clemente, San Francesco d’Assisi, San Giovanni Bosco, San Pacifico, Santa Teresa. La vetrata e stata realizzata nel 1931 da Antonio Siletti di Torino.
Per quanto riguarda la fase decorativa della chiesa, si occupò delle pitture Rodolfo Gambini tra il 1891 e il 1892. Tra l’altare del Corpus Domini e lo Scurolo vennero collocate le quattro statue degli Evangelisti realizzate da Giuseppe Argenti su disegno dello stesso Antonelli.
Inoltre sono da ricordare: la tela con la rappresentazione de “La Cena di Emmaus” dipinta da Michele Cusa collocata sull’altare del Corpus Domini e la raffigurazione de “La B.V. Maria con San Domenico” opera di Angelo Capisani situata nella cappella che diventerà successivamente sede dello Scurolo dei Santini.