La Chiesa di San Marco, situata in via dei Gautieri, fu costruita utilizzando materiali provenienti dai distrutti convento e chiesa di San Lorenzo, collocati nel sobborgo di Santo Stefano. La prima pietra fu posata dal vescovo Carlo Bascapè, discepolo di san Carlo Borromeo, nel 1607. Incerto il nome dell’architetto: per alcuni sarebbe stato il barnabita Bernardino Ferrari; per altri Lorenzo Binaghi. Nel 1634, la Chiesa fu affiancata dal convento, ora sede della Banca d'Italia. La chiesa fu consacrata nel 1691 e destinata ai Padri Barnabiti. Venne restaurata nel 1954-55.
La Chiesa di San Marco è costituita da un'unica navata, sulla quale si aprono sei cappelle laterali, con cupola a base rettangolare, impostata sopra il transetto, e da una tazza posta a copertura del coro. All'interno si possono ammirare numerose opere dei secoli XVII e XIX. Degni di particolare attenzione, per la raffinatezza d'intaglio e per la complessità compositiva, sono i confessionali, il pulpito e alcuni bassorilievi, che illustrano episodi della vita di San Paolo. Essi sono collocati nella navata centrale, di cui costituiscono l'elemento artistico prevalente. Del pittore Guglielmo Caccia, detto il Moncalvo, sono gli affreschi della tazza della volta del coro e del presbiterio, la decorazione dell'Ancona dell'altare, le due tele laterali della Cappella dedicata a San Carlo e la tela a olio ritrovata in sacrestia. Del Procaccini è una tela con la Presentazione della croce, mentre di Daniele Crespi è il Martirio di San Marco, eseguito all’inizio del Seicento.
Subito, entrati, siamo colti dalla ricchezza di immagini e dal calore dei materiali preziosi con cui è decorata: marmi rossi, porfido statuario, legni patinati, dorature e stucchi pregiati. E
poi le pitture, con un crescendo di qualità che trova il suo apice con la tela di Daniele Crespi raffigurante il Martirio di San Marco datata intorno agli anni ’20
del 1600. Di fronte a questa tela immensa la figura di San Marco, con il cappio al collo, trascinato dal soldato a cavallo, ci pare uno dei brani più altamente
drammatici del panorama pittorico novarese seicentesco. Il realismo della pittura e le dimensioni pari al reale delle figure permettono allo spettatore di immergersi completamente nella scena riuscendo ancora oggi a commuovere. Solo in alto, dove la
figura dell’Anima santa del martire ascende al cielo, si placa il turbine della macabra processione al patibolo.
Oltre a questa vetta qualitativa altre opere importanti si affacciano sulla navata di San Marco: è legato al gusto del Vescovo Bascapè il coinvolgimento di Guglielmo Caccia detto il Moncalvo che decora, a fresco, la cupola e la volta dell’abside con Dio Padre benedicente e con la Gloria di San Giovanni Evangelista.
Nelle vele gli evangelisti e le belle figure delle Sibille fanno da cornice alla decorazione. Nella cappella della Processione di San Carlo Borromeo con la reliquia del “Santo Chiodo” il Moncalvo raffigura San Carlo in processione, scalzo, seguito e preceduto
dai chierici, tra cui il Bascapè, che si dirige verso il Duomo di Milano.