La struttura dell'attuale edificio della basilica ha origini relativamente recenti. La sua realizzazione inizia nel primo decennio del XVII secolo con la costruzione di una nuova Collegiata in sostituzione dell'antica chiesa preesistente – probabilmente di origine romanico – e termina con la posa della nuova cupola, rivestita inizialmente da una copertura in piombo e poi, dopo la repentina usura di quest'ultima, dalla caratteristica copertura in rame nudo che ancora adesso possiede, inaugurata l'8 settembre 1889. Contemporaneamente, dal 1840 al 1877, si eresse una nuova torre campanaria che si potesse adeguare all'imponenza assunta dal nuovo corpo della basilica, che terminò nel 1878 con l'installazione di otto campane fuse dalla fonderia "Pasquale Mazzola" di Valduggia. L'imponente organo risale all'ultimo decennio del XVIII secolo e fu costruito dalla famiglia organaria Serassi; nel 1932 esso fu restaurato e modernizzato con l'introduzione della trasmissione elettro-pneumatica per opera di Vincenzo Mascioni[2]. Tale strumento con i suoi tre manuali di 61 note, una pedaliera di 32 tasti e 39 registri nominali ed è il più grande organo di Verbania. La chiesa conserva un dipinto giovanile di Daniele Ranzoni, La predica del Battista.