A seguito degli adeguamenti strutturali e funzionali dei locali ai piani terreno, primo e secondo dell’ala meridionale dell’ex Seminario vescovile, distribuiti su due dei tre lati della corte interna, il percorso museale si snoda su tre livelli attraverso un itinerario tematico e cronologico che ha come protagoniste alcune opere prima conservate nel Palazzo vescovile, nei depositi del Seminario e nelle sale espositive del primo allestimento realizzato nel 2004. Altre opere che necessitavano di tutela immediata – acquisite per mezzo di contratti di deposito sottoscritti con le parrocchie di provenienza – trovano al museo una sistemazione provvisoria. Un gruppo di opere, infine, proviene dalle collezioni civiche: confluite in esse in tempi differenti da edifici ecclesiastici cittadini soppressi e convogliate nei depositi senza mai venire fruite dal pubblico, sono esposte in virtù di una convenzione tra Diocesi e Comune.
Il percorso permette non solo di evidenziare le linee salienti della storia diocesana ma anche di ricostruire – attraverso adeguati apparati didattici – gli spostamenti subiti dalle opere prima di arrivare alla fase di deposito, con affondi sui luoghi di origine.
Al piano terreno del braccio che affaccia su Via del Seminario, oltre alla sala di accoglienza con il front office e il book shop, si trova il locale che ospita i laboratori didattici.
Il museo – comunque ‘flessibile’ in quanto collettore dinamico dei beni artistici diocesani – tiene conto delle diverse identità delle tre aree geografiche che compongono la Diocesi (l’Oltregiogo, l’area dell'Oltrepo pavese, la zona alessandrina). Le sale espositive del piano terreno, come nuclei autonomi, raccontano due significativi aspetti della storia della diocesi con opere salvate dal rischio della dispersione fra gli anni Settanta e Ottanta del XX secolo.