La chiesa è impostata su pianta rettangolare a navata unica con due cappelle laterali decorate con marmi policromi.
L'altare maggiore è grandioso: collocato al centro del presbiterio è l'elemento dominante della chiesa con le grandi colonne tortili e le sculture che lo arricchiscono. E' piacevole affidare la descrizione dell'altare alla penna di don Carlo Ardizio (1883-1961): "é essenzialmente formato dal basamento, dai due soliti gradini per i candelieri, dalla pala d'altare e da due nere colonne a tortiglione variamente sagomate, ornate nel mezzo da due magnifiche sculture di profeti, il tutto reggente un cornicione spezzato a orecchia e coperto da un drappeggio, scolpito pure nel legno, scendente da una corona, ben proporzionata e sorretta dalla chiave di volta e da legatura di ferro. Gli angeli a tutto corpo reggenti la corona, i vari putti alati sparsi in belle positure qua e là sui drappeggi, le due statue di profeti, le cornici, lo splendor dell'oro degli ornamenti sobrii, il mezzo oro e il nero bronzo ben applicati come fondo danno all'altare un risalto e una grazia tutta berniniana".
La pala dell'altare è un olio su tela del pittore oleggese Bartolomeo Vandoni (1603-1676?) e rappresenta la Madonna di Loreto, Sant'Anna, Santa Domenica, don Gaudenzio Bovio. (Essa è stata restaurata dal laboratorio Mastrotisi-Segimiro di Novara nel 1983).
La data 1639 posta sulla tela indica l'anno di morte di don Gaudenzio Bovio, avvenuta a Bellinzago il 3 marzo.
La preziosa cornice di legno fu eseguita da Giovanni Quadri di Turbigo nel 1679. Il coro risale al 1767. E' formato da scanni di legno, opera di mastro Giulio Gadda, falegname milanese. Costò 70 zecchini.
Tra le opere lignee che la chiesa custodisce vanno ricordati il pulpito e la cantoria settecentesca, documentata al 1701.
Nella sacrestia è notevole il complesso degli armadi del secolo XVIII. Fu ampliata nel 1698.
La cappella dell'Assunta è arricchita da una statua della Madonna del 1825. L'altare tutto di marmo, nel 1758 è detto "fatto nuovo". Fiancheggiano la cappella le statue di Sant'Antonio Abate e di Sant'Antonio da Padova.
La cappella del Crocifisso, a destra, fu costruita a partire dal 1701. L'altare è lavorato a bellissimi marmi, ospita il famoso Crocifisso assai venerato dai bellinzaghesi. I dipinti parietali (1716) narrano argomenti della Passione.
La volta venne affrescata dal pittore Rodolfo Gambini nel 1900 e rappresenta in tre grandi quadri la vita di Sant'Anna.
Le dorature furono eseguite dal Bianchi; gli stucchi da Achille Scala.
La facciata è molto sobria; in corrispondenza del portale si apre una trifora di linea tipicamente seicentesca. Al centro spicca la statua di Sant'Anna.