Située dans la vieille ville d'Annecy, dans le département français de la Haute-Savoie, l'église a été construite à partir de 1422 comme chapelle des Dominicains, fondée par le cardinal Jean-Allarmet de Brogny (1342-1426), à la suite de l'incendie qui avait dévasté la ville. C'est à Jean Magnin que l'on doit la poursuite des travaux avec la construction de la nef. Au cours du XVIe siècle, des corporations locales et des familles nobles fondent des chapelles latérales.
L'édifice, calqué sur les églises de l'ordre dominicain avec une large nef pour accueillir un nombre croissant de fidèles, s'impose comme un lieu privilégié de la dévotion locale, rôle qu'il conserve jusqu'à la fin du XVIIIe siècle. Après la Révolution française, l'église est pillée et devient un marché aux grains jusqu'en 1802, date à laquelle le culte catholique est rétabli et l'église dédiée à Saint-Maurice, le saint patron de la Savoie.
Les travaux de restauration effectués en 1956 ont mis en évidence deux exemples extraordinaires de décoration picturale du XVe siècle : l'Assomption de la Vierge soutenue par quatre anges entre les figures agenouillées du bienheureux cardinal Pierre de Luxembourg (1369-1387) et l'apôtre Thomas, peint dans une niche (plus profonde à l'origine) sur un pilier de la nef, près de l'entrée de la chapelle fondée en 1478 par les Savoie-Luxembourg. Lié à l'incrédulité de saint Thomas et à la descente miraculeuse de la ceinture de la Vierge, le sujet s'inspire d'un épisode apocryphe raconté par le dominicain Jacopo da Varagine dans sa célèbre Légende dorée. Le thème est représenté dans les mêmes années à Notre-Dame des Fontaines de La Brigue mais dans le cadre d'un cycle consacré à la vie de la Vierge.
Autre rareté, la grande peinture murale (h 2,20x5 mètres) qui orne le mur gauche du chœur, fragment d'une composition plus vaste et jusqu'à présent cachée derrière les stalles en bois. Elle symbolise la sépulture de Philibert de Monthouz, conseiller des ducs de Savoie et de Bourgogne, décédé en 1458. La composition est dominée par un grand sarcophage de pierre sur lequel est représenté le squelette du défunt. Tout autour, à l'intérieur de niches architecturales à voûtes croisées, se trouve le cortège des pleureuses en habit. La fresque, peinte en grisaille, c'est-à-dire en camaïeu de gris, est attribuée à Hans Witz, originaire d'Eichstätt en Bavière, actif dès le milieu du XVe siècle pour le haut patronage de la famille de Savoie entre Chambéry et Genève et point de référence essentiel pour les échanges entre l'Italie et l'Europe du Nord.
Les importants travaux menés dans l'église depuis 2014 ont permis d'approfondir les connaissances matérielles et formelles de ces peintures.