L’edificio romanico è comunque citato la prima volta nelle carte dell’abbazia arnese del 1330, dove si parla di "Prato magno di S. Maria". È a pianta rettangolare monoabsidata, disassata verso nord rispetto all’attuale chiesa. L’abside è sotto il presbiterio moderno e la facciata a ovest è all’altezza del secondo pilastro.
Forse l’edificio era preceduto da un atrium: la costruzione di tre grandi camere a sepolture multiple, già in uso nel 1628, hanno distrutto ogni presenza probante. Piccoli ambienti, di poco
posteriori alla prima fase di costruzione, sono articolati a nord e a sud con l’accostamento di strutture parallele e addossate alle esistenti. Quello a sud è a destinazione funeraria.
I residui murari a spina di pesce e le numerose tombe terragne ad alveolo cefalico (con tre pietre intorno al capo del defunto) messe in luce davanti alla facciata negli strati archeologici più profondi sono di valido aiuto per la conoscenza della fase iniziale della chiesa ipoteticamente datata al mille. Nell’interno quattro sepolture a fossa sono state svuotate da materiali di riempimento. Una, delimitata da ciottoli legati da malta e argilla e da un sesquipedale laterizio (mattone le cui misure sono in relazione al piede romano di cm 29 circa e alto cm 6) in capo, è ricavata lungo il perimetrale sud. Altre due sono pressoché al centro della chiesa: una con pareti realizzate in frammenti di laterizi posti di piatto legati da malta friabile e il fondo in tegoloni a risvolto; l’altra con cassa in ciottoli disposti regolarmente su più filari legati con argilla.
Quest’ultima è stata parzialmente indagata perché tagliata a nord dalla sepoltura del parroco Giovanni Maria Grazioli Cristofini, morto nel 1682, e a ovest da una lastra sepolcrale in serizzo (140 x 61 x 17-20 cm), di ignota provenienza, posizionata a quota più alta di 50 cm circa, con sezione in parte pentagonale, sagomata a doppio spiovente molto ribassato, certamente materiale di riutilizzo per essere rozzamente sbozzata su un lato in forma trapezoidale.
Una quarta deposizione infantile, accanto a quella in laterizi, presenta tecnica muraria in ciottoli e argilla e copertura in grossi trovanti appiattiti (massi erranti), alcuni ricaduti nel loculo. Dell’edificio romanico non si hanno notizie documentarie. La chiesa della fase quattrocentesca è citata la prima volta nel 1482, nel testamento del feudatario di Fontaneto, il miles Filippo Maria
Visconti che lasciò all’istituzione un reddito di 160 lire annue per il mantenimento di due preti. La toponomastica nel 1492 definisce come “prati di Santa Maria” i terreni circostanti. La dedicazione alla Vergine Assunta compare nelle fonti solo a fine cinquecento.
All’interno della chiesa di particolare interesse è l’altare in marmi policromi innalzato nel 1735 dai maestri di Viggiù; nel paliotto lo scudo in marmo bianco di Carrara (1798) con l’Assunta è di Stefano Argenti.
Pesantemente ritoccati nel 1925 dal pittore Gaetano Calcaterra di Cuggiono, sono gli affreschi delle volte del presbiterio e del coro, si pensa eseguiti nel 1631, citati la prima volta nel 1652 nell’Inventario del parroco Sorosio. Di stretto sapore piemontese- lombardo, impaginati entro cornici di stucco dorato eseguite da maestranze luganesi, essi rappresentano la Vergine Asssunta con i Profeti Davide, Daniele, Isaia, Geremia.
Sopra il coro è l’Ostensorio ambrosiano sostenuto da due arcangeli; nelle vele incombono altri quattro bellissimi angeli musicanti.
Il coro circondato da stalli lignei settecenteschi, è ornato sulla parete estrema dalla pala dell’Assunta, attribuita a Sperindio Cagnoli, dipinta alla metà del secondo decennio del XVI secolo. Sulla parete sud è la Deposizione di Cristo di maestro gaudenziano. Su quella nord sono due tele gemelle (215x120 cm) di inizio XVII secolo di maestro lombardo: una rappresenta la Predica di san Domenico, l’altra la Madonna del Rosario con i santi Domenico, Caterina da Siena e, alle loro spalle, i quattro fratelli Visconti: Ottavio, Giovanni Francesco, Baldassarre e Carlo. I dipinti ornavano l’antica cappella del Rosario, che sorgeva nella quarta campata della navata nord, citati nell’inventario del parroco Marini del 1617, con la statua lignea della Vergine si ammira sull’altare della cappella odierna in capo alla navata sinistra.
In capo a quella di destra è la cappella di Ognissanti con il telerio del Cristo in gloria adorato da tutti i Santi (che Antonio d’Enrico, detto Tanzio da Varallo, dipinse tra il 1628 e il 1629, opera altalenante tra l’arcaismo compositivo e le novità stilistiche del naturalismo caravaggesco. Il dipinto fu commissionato da Giovanni Francesco e Carlo Visconti i cui onomastici campeggiano nella parte inferiore. L’opera era destinata all’altare della cappella costruita poco dopo il 1610, per legato testamentario del fratello Baldassarre. Davanti ad essa i Visconti fecero allestire anche una camera sepolcrale multipla riservata ai componenti della famiglia.
Il forte aumento demografico di inizio ottocento indusse il parroco don Martino Jelmoni a promuovere consistenti lavori di ampliamento della chiesa. Nel 1827 furono aggregate le due navate laterali e nel 1842 lo scurolo di Sant’Alessandro su progetto di Alessandro Antonelli.