Come scriveva il Cardinale Domenico della Rovere, la Chiesa Inferiore è da intendersi come una vera e propria chiesa che, nelle intenzioni del cardinale, doveva assumere le funzioni di mausoleo e sostituire nell’immaginario dei fedeli, unitamente alla Chiesa Superiore, il ricordo delle chiese medievali demolite. Questo vasto ambiente costituisce per dimensioni e dignità architettonica uno dei poli emergenti, anche se a lungo tenuti in oblio, della chiesa cattedrale di Torino ed era all’origine, parte integrante della Chiesa Superiore. L’impianto della chiesa è ancora quello rinascimentale, caratterizzato dalle murature perimetrali, con finestre rettangolari che emergono sulla piazza e illuminano in corrispondenza delle navata l’interno, segnato dai grandi pilastri centrali e dal sistema voltato che connota fortemente i volumi ribassati dell’ambiente ipogeo. Nella chiave di volta è raffigurato lo stemma del cardinale Della Rovere, costruttore del nuovo Duomo. La chiesa inferiore riproduce fedelmente il tracciato del piano superiore, da cui si scendeva attraverso scale inserite nella muratura perimetrale; lo spazio aveva anche un sistema di accessi esterno, al disotto della scalinata in facciata. Soltanto il locale inizialmente adibito a sacrestia nel Seicento fu profondamente plasmato dalla presenza dei pilastri di fondazione della cappella della Sindone; risulta un ambiente separato dalla navata centrale da una parete continua, eretta al fondo del presbiterio. A partire dal Cinquecento fino all’Ottocento furono custodite le spoglie dei Savoia, testimonianza di questo le grandi croci ritrovate sulle superfici intonacate. Durante questa fase di ritrovamenti è stato evidenziato il tracciato del San Giovanni paleocristiano che unito ai ritrovamenti di Santa Maria, offre nuovi elementi sul tracciato delle tre chiese paleocristiane, preesistenti all’attuale cattedrale.