L'oratorio di Santa Maria della Misericordia presenta oggi un aspetto settecentesco, ma le preesistenze risalgono verosimilmente ad epoche precedenti, tra la fine del XV secolo e i primi anni del XVI.
Nel XVIII secolo l'edificio venne sottoposto ad opere di ristrutturazione: questa trasformazione avvenne secondo il linguaggio barocco tipico dell’epoca, ma non intaccò alcuni elementi rinascimentali risalenti allo stato preesistente della stessa fabbrica. Pur mancando una documentazione adeguata, si può ritenere che l'orientamento dell'antico oratorio, sicuramente molto più piccolo di quello attuale, fosse rivolto con l'abside ad est come tutte le antiche chiese della città; successivamente fu voltato con il prospetto principale sulle vie di maggior traffico.
L'oratorio era la sede della Confraternita Orazione e Morte che aveva come compito quello di dare sepoltura a coloro che non potevano essere tumulati nei cimiteri consacrati. Le cronache raccontano di stanze e cunicoli che custodiscono decine di scheletri di suicidi, vagabondi e sconosciuti che trovavano sepoltura proprio nei suoi sotterranei.
Oggi l'edificio si presenta quasi completamente spoglio degli arredi originari.
I quattro altari laterali che arricchivano le pareti della chiesa (S. Antonio e Madonna della Misericordia a sinistra, S. Giovanni e S. Nicola da Tolentino a destra) sono stati fortemente impoveriti (rimangono le decorazioni ad affresco e alcuni frammenti degli altari in muratura e delle cornici).
Rimane nell'area presbiteriale l'altare maggiore in marmi policromi, opera dello scultore genovese Alessandro Aprile, che lo realizzò tra il 1738 e il 1740.
Le tele che onavano le pareti dell'oratorio sono oggi conservate in parte presso i locali delle Curia Vescovile di Tortona, in parte nelle sale del Museo Diocesano di Tortona, dove è esposto il "San Nicola da Tolentino che intercede presso le anime purganti", opera di Giovanni David.