Antica basilica cimiteriale paleocristiana e sede di sepolture vescovili, divenne monastero benedettino per volontà del vescovo acquese Dudone, agli inizi del secolo XI. La struttura si dotò, nel secolo successivo, di edifici per ospitare i monaci e del campanile ottagonale, rifatto nella cella campanaria.
Nel tardo medioevo San Pietro decadde al ruolo di Commenda e nella prima metà del '700 la chiesa venne divisa per ospitare la confraternita di S. Caterina; nel corso del secolo XIX fu in parte adibita ad abitazione privata, con grande degrado per le strutture interne ed esterne.
Dal 1927 la chiesa fu oggetto di importanti quanto discussi restauri e ricostruzioni, per essere riportata ad una ipotetica forma originale.
Riconducibili alla struttura originale sono la navata centrale con i sostegni, l'estremità posteriore delle navate laterali e le absidi; la facciata e gran parte delle navate laterali sono state ricostruite nel secolo XX.
Da segnalare al suo interno l'affresco, databile alla metà del secolo XV, raffigurante la Pietà con ai lati i vescovi San Maggiorino e San Tito, staccato dalla parete e restaurato; ricordiamo ancora due tele con L'incoronazione di spine e Gesù di fronte a Pilato, databili al secolo XVII.
La statua lignea della Madonna Addolorata, fu donata da Mons. Gozzani, vescovo di Acqui, quando agli inizi del secolo XVIII divise l'abazia in due chiese di cui una venne dedicata proprio alla Madonna Addolorata.