Le strutture murarie inferiori sono di forma circolare (irregolare) e costituite da pietre più rozzamente squadrate e ciottoli disposti a spina di pesce, che potrebbero risalire all'incirca all'anno 930. Ad esse risulta sovrapposta una struttura ottagonale, costituita da pietre meglio squadrate, relative verosimilmente ai secoli XI-XII; il perimetro risulta ornato da trifore cieche rette da colonnine in sasso e archetti pensili, alcuni dei quali realizzati in cotto ed altri con elementi in pietra.
Sono presenti anche due monofore alte e strette a doppia strombatura. Nel tempo l'edificio ha subito diversi interventi, ed in particolare nel secolo XVII. In quest'epoca venne aperta la prima arcata per addossarvi una cappella ed era stato realizzato un pronao antistante. All'inizio del secolo XX l'impianto planimetrico della struttura è stata riportata alla primitiva conformazione; tuttavia, nel corso di tali interventi, con ogni probabilità, venne deteriorato l'affresco posto in corrispondenza dell'arcata rimossa.
Un ulteriore affresco databile al secolo XVI, meglio conservato, è collocato in corrispondenza della terza arcata. Un terzo (indubbiamente più recente) in corrispondenza dell'arcata frontale; di epoca più tarda l'affresco della volta, che sembra rappresentare il "biscione" visconteo.
Il battistero venne consacrato durante il vescovato di Litifredo, tra il 1122 e il 1151. Secondo alcuni autori è verosimile ipotizzare la preesistenza nel luogo di un sacello romano. Inoltre, è possibile che in corrispondenza del pavimento centrale, ribassato ed al quale si accede tramite tre gradini, vi fosse una vasca ad immersione.
Quasi tutti concordano nel ritenere la parte inferiore, in pietre più rozzamente squadrate e ciottoli disposti a spina di pesce, databile entro il X secolo. L'ottagono superiore, in pietre meglio riquadrate, è ritenuto dell'XI, XII secolo; è ornato da trifore cieche rette da colonnine in sasso e archetti pensili, alcuni in cotto altri in sasso. Sono presenti due monofore alte e strette a doppia strombatura. L'edificio ha subito, nel tempo, vari interventi, in particolare nel secolo XVII. Un altro affresco (del secolo XVI) meglio conservato, è posto nella terza arcata, un altro (sicuramente più recente) nell'arcata frontale e di epoca più tarda appare l'affresco della volta che sembra rappresentare il "biscione" visconteo.
Il battistero, dedicato a San Giovanni, è stato consacrato durante il vescovato di Litifredo, tra il 1122 e il 1151. Per molti non era spiegabile un battistero collocato in una sede non plebana ma questo quesito è superato: Agrate ne era sede.