La costruzione della chiesa di San Francesco della Rocchetta, collocata entro le mura della città, prende avvio nel 1545 e si conclude nel 1659. L’edificazione di questa struttura avviene per volontà del conte Gian Luigi della Costa, desideroso di costruire una nuova chiesa per riportare in un luogo degno il corpo della Beata Paola, conservato in modo improprio in una stanza del suo castello. L’attuale aspetto della chiesa di San Francesco è frutto di diversi rimaneggiamenti. Della primitiva struttura gotica permane solo il massiccio campanile cuspidato mentre sono più evidenti gli interventi del XVII e XIX secolo. Tra questi spicca la facciata, realizzata nel Seicento, su disegno di Giovenale Boetto (1604-1675).
L’interno a tre navate è verosimilmente stato completato entro la seconda metà del XVII secolo col contributo dei fratelli Beltramelli (già attivi presso il Santuario della Madonna del Popolo di Cherasco) a cui sono attribuite la decorazione a stucco del coro e dell’altare maggiore. Quest’ultimo di età barocca, datato 1718 e voluto dall’abate Melchiorre di Casa Magistrati, è ornato da una tela ovale raffigurante San Francesco portato in gloria da una nube di angeli, mentre completano l’apparato iconografico le grandi statue di Sant’Antonio e San Bernardino collocate a destra e a sinistra della mensa. In occasione della canonizzazione della Beata Paola viene riaffrescata la volta della chiesa per mano dei Morgari.
Di particolare interesse è poi il coro cinquecentesco, proveniente dalla distrutta chiesa di San Francesco della Rocchetta. E’ composto da ventiquattro stalli riccamente intagliati con raffigurazioni di carattere sacro e profano. Su uno di essi è riportato lo stemma della famiglia di Bona di Villa di Villastellone. Infine è da ricordare la cappella gentilizia della famiglia Costa che custodisce le reliquie della contessa Beata Paola Gambara, conservate in un’urna di cristallo. L’altare, progettato da Filippo Juvarra, è sormontato da una grande tela con la Beata Paola in adorazione della Vergine col Bambino, datata 1726. Questo era originariamente ornato dal trittico di San Francesco, opera di un artista forse di origini vercellesi, e proveniente dal convento di San Francesco, collocato nella cappella di patronato dei conti Costa, che prima di essere intitolata negli anni venti del Settecento alla beata di casa, la contessa Paola Costa Gambara, era dedicata alla Natività di Nostro Signore.