La chiesa di San Giovannino, collegata alla confraternita del SS. Crocifisso, era nel quartiere di Gamondio, vicino alla porta, “di Genova” e fu costruita nel 1484. Nel 1706, a seguito di un incendio provocato dallo scoppio di un magazzino avvenuto il 14 ottobre, la chiesa subì gravissimi danni. I confratelli allora decisero di costruire una nuova chiesa sul sedime di quella precedente, terminata nel 1731. Nel 1767 su progetto dell'architetto Giuseppe Domenico Trolli, furono costruiti il coro, la sagrestia, il campanile e la volta sopra il presbiterio. L'intervento la rese conforme ai canoni del barocco. La facciata si presenta tripartita da lesene sormontate da capitelli. È coronata da un timpano triangolare che culmina in un pinnacolo reggente una croce. Nel timpano si apre un finestra circolare che richiama l'iconografia tradizionale della santissima Trinità. Nel registro superiore vi sono le statue raffiguranti San Giovanni Evangelista e San Carlo Borromeo, insieme alle virtù teologali Fede, Speranza e Carità.
L'edificio è ad aula unica con due cappelle laterali ed altari rispettivamente dedicati a San Carlo Borromeo e alla Beata Vergine Addolorata. Ha copertura a botte ribassata con unghie poggiate su un cornicione sporgente sopra il quale si aprono otto finestre. La decorazione della volta, realizzata durante gli interventi del 1767-1769, è un ottimo esempio del barocco dell'area alessandrina. La navata si conclude con l'abside, a pianta semicircolare, in cui una grande nicchia contiene un imponente gruppo ligneo raffigurante la scena della Crocifissione con il Crocifisso, la Vergine Maria sorretta da San Giovanni e Maria Maddalena. La navata unica (che richiama il concetto della “via stretta”) conduce immediatamente a puntare diritto verso questo gruppo della Crocifissione, con un cammino che non consente “decentramento” ma punta diritto per arrivare al polo che rappresenta la salvezza. Nella navata in grandi nicchie sono collocati altri quattro grandi gruppi lignei, per complessive quattordici statue di dimensioni naturali, settecenteschi, di pregevole fattura, raffiguranti altrettanti episodi dell'antico Testamento.